Günümüz Endonezya’sının jeopolitik temeli, ülkeyi birbirine bağlayan denizlerden ve limanlardan oluşmaktadır. Endonezya’da, Hint Okyanusu’ndan Pasifik Okyanusu’na kadar dağılmış 17 binden fazla ada bulunmaktadır. Bu adalardan 6 bin kadarı üzerinde, 300’den fazla, kültürel-dilsel açıdan farklı olan nüfusları barındırmaktadır. Günümüz Endonezya’sının büyük bir kısmını ilk defa birleştirenler, 19. yüzyılda Hollandalılar olmuştur. Kültürel anlamda birbirinden farklı olan söz konusu adaların politik birliğini korumak, Endonezya’nın ilk coğrafi hedefini oluşturmaktadır. Endonezya’nın başlıca adası olan Cava, toplam nüfusun yaklaşık %60’ını üzerinde barındırmaktadır. Cava üzerinde yaşayan başlıca etnik grup ise Cavalılar’dır. Cava aynı zamanda üzerinde kahve, şeker kamışı, kauçuk ve pirinç yetiştirilen, Endonezya’nın tarımsal merkezidir. Doğu-batı uzantılı volkanik sıradağlar, adanın güney yakasında uzanmaktadırlar. Bu nedenle de Cava nüfusu, Cava Adası’nın daha çok kuzey kısmına, Cava Denizi’ne doğru olan kesime yerleşmiştir. Cava Denizi, Endonezya’nın merkezidir. Karimata Boğazı, Makassar Boğazı ve Flores Denizi; Cava Adası’nı, Sumatra’dan Sulawesi’ye, oradan da Batı Papua’ya, yani Endonezya’nın Cava dışında kalan adalarına bağlamaktadır. Söz konusu dış adalar önemli petrol, doğal gaz, bakır ve kalay kaynaklarına sahiptirler. Endonezya’nın birbirinden kopuk büyük kara parçaları ve geniş denizleri, ülkede merkezî bir yönetimin oluşmasını zorlaştırmakta ve engellemektedir. 1990’larda bağımsızlığını kazanan Doğu Timor ve ayrılıkçı bir tutum sergileyen Açe ile Batı Papua, bu zorluğa örnek teşkil eder. Söz konusu dağınık adaları bir arada tutmak, bölgelerin kendi çıkarları ile ulusal çıkarları dengeleyebilecek güçlü bir merkezî yönetim gerektirmektedir. Son olarak Endonezya, bir yandan farklı bölge halklarının çatışan isteklerine cevap verme, diğer yandan ise doğal kaynakları kullanarak denizdeki hâkimiyetini sağlamlaştırma gibi sorunların sorumluluğu altına girmiş durumdadır.
